법무법인(유) 화우

국세청이 우리나라의 'AI 3대 강국 도약'을 지원하기 위해 AI 중소기업 대상 맞춤형 세정지원 방안을 발표하였습니다. 10월 27일부터 시행되는 이번 지원책은 4천 8백여 개 AI 중소기업을 대상으로 세무검증 최소화, 연구개발 지원, 유동성 지원 등 4개 분야에 걸친 포괄적 지원을 제공합니다. 특히 AI 스타트업에 대한 정기 세무조사 선정 제외와 일반 AI 중소기업에 대한 세무조사 착수 유예를 통해 기업들이 핵심 사업에 집중할 수 있는 환경을 조성하고, 생성형 AI를 비롯한 5개 세부 AI 기술의 국가전략기술 지정을 추진하여 세제혜택을 대폭 확대할 예정입니다.

1. 배경 및 개요

2. AI 중소기업 세정지원 방안의 주요 내용

3. 시사점

1. 배경 및 개요

AI 기술이 국가 경쟁력의 핵심으로 부상하면서 기술 패권을 좌우하는 전략 분야가 되었으나, 우리나라 AI 중소기업은 자금력, 인력, 인프라 측면에서 상대적 열세에 있는 상황입니다. 이러한 현실을 인식한 국세청은 한국인공지능·소프트웨어산업협회와의 현장소통 간담회를 통해 AI 중소기업의 애로사항을 직접 청취하고, 이를 바탕으로 실질적이고 체감할 수 있는 세정지원 방안을 마련하였습니다.

중소벤처기업부 및 관련 협회의 협조를 받아 선정된 총 4천 8백여 개 AI 중소기업이 지원 대상으로, 이는 단순한 납세편의 제공 차원을 넘어 기업의 성장단계와 특성을 고려한 차별화된 지원체계를 구축한 것이 특징입니다.

2. AI 중소기업 세정지원 방안의 주요 내용

이번 세정지원 방안은 5개 핵심 영역으로 구성되어 있습니다.

가. 세무검증 최소화

성장 단계별로 차별화된 세무조사 지원을 제공합니다. AI 스타트업 중소기업(창업일부터 5년 이내)은 정기 세무조사 선정에서 제외되어 세무조사에 대한 우려 없이 핵심 사업에 집중할 수 있습니다.

그 외 AI 중소기업의 경우, 정기 세무조사 대상으로는 선정될 수 있지만 납세자 신청에 따라 세무조사 착수 예정일로부터 최대 2년간 착수를 유예받을 수 있습니다. 세무조사 대상자로 선정된 경우 착수일로부터 20일 이전에 사전통지서가 발송되므로, 이를 수령한 AI 중소기업은 착수 유예 신청을 통해 사업 확장의 중요한 시기에 세무조사로 인해 업무가 중단될 위험을 방지할 수 있습니다.

다만, 정기세무조사 대상(신고내용 성실도 분석, 순환조사, 무작위추출방식) 중 순환조사 대상은 이러한 착수 유예에서 제외됩니다. 순환조사는 연간 수입금액 2,000억 원 이상 법인(상호출자제한기업집단 소속 법인 등의 경우 500억 원 이상)을 대상으로 5년 주기로 실시되는 정기조사를 의미합니다. 또한 명백한 탈루 혐의가 없는 경우에는 신고내용확인 대상에서도 제외하여 세무 검증 부담을 최소화합니다.

유의할 점은, 위와 같은 지원은 정기세무조사에 국한되고, 탈세 혐의 등으로 인한 비정기세무조사는 면제되거나 착수 유예되지 않습니다.

나. 연구개발(R&D) 등 지원

AI 중소기업이 연구개발에 전념할 수 있도록 연구·인력개발비세액공제 사전심사 및 법인세 공제·감면 컨설팅 신청을 우선 처리합니다.

다. 유동성 지원

납부기한 연장, 납세담보 면제, 압류·매각 유예, 경정청구 우선 처리, 환급금 조기 지급 등을 통해 기업 자금의 유동성을 적극 지원합니다. 특히, 경정청구 우선 처리를 통해 환급금이 조속히 지급될 수 있어 AI 중소기업들의 현금 흐름 개선에 도움을 줄 것이라 예상됩니다.

라. 세무쟁점 상담

홈택스 전용상담 서비스를 제공하고, 전국 세무서에 AI 기업 전용상담창구를 설치하여 투자·고용 관련 세제혜택 안내 및 애로사항 수집·반영을 통한 제도개선을 추진합니다.

마. AI 기술 세제혜택 확대 방안

정부는 AI 연구 및 인프라 투자 활성화를 위해 다음과 같은 5개 AI 세부기술을 연구·인력개발비세액공제의 '국가전략기술'로 지정하는 방안을 추진하고 있습니다.

• 생성형 인공지능 기술

• 에이전트 인공지능 기술 

• 학습 및 추론 고도화 기술

• 저전력고효율컴퓨팅기술

• 인간 중심 인공지능 기술

또한 해당 서비스 제공을 위한 AI 데이터센터를 통합투자세액공제 '국가전략기술 사업화시설'로 지정하는 방안도 함께 추진되고 있습니다. 

위와 같은 내용을 담은 조세특례제한법 시행령 일부개정안은 2025년 10월 22일 입법예고가 완료되었고, 차관회의와 국무회의 등 관련 법령 개정 절차를 거쳐 곧 공포·시행될 예정이며, 관련 법령 개정 절차가 완료되면 2025년 1월 1일 이후 발생한 연구개발비와 투자분에 대한 세제 혜택이 대폭 확대될 것입니다.

3. 시사점

이번 국세청의 AI 중소기업 세정지원 방안은 다음과 같은 중요한 시사점을 제시합니다.

가. 세무조사 대응 역량 강화의 중요성

AI 중소기업들이 세무조사 착수 유예 제도를 효과적으로 활용하기 위해서는 사전통지서 접수 즉시 신속한 판단과 대응이 필요합니다. 특히 유예 신청 과정에서 기업의 AI 기술 개발 현황과 향후 계획을 체계적으로 설명할 수 있는 역량이 중요해집니다. 이는 단순한 절차적 신청을 넘어 기업의 성장 전략과 연계된 종합적인 세무 관리 체계 구축의 필요성을 시사합니다.

유예 기간 동안 기업들은 세무조사에 대비한 철저한 준비를 통해 향후 조사 과정에서의 리스크를 최소화할 수 있는 기회를 얻게 됩니다. 이러한 준비 과정에서 전문적인 사전컨설팅과 체계적인 대응 전략 수립이 기업의 지속가능한 성장에 핵심 요소로 작용할 것입니다.

나. AI 기술별 맞춤형 세제혜택 활용 전략 수립

5개 세부 AI 기술 분야의 국가전략기술 지정은 AI 중소기업들에게 새로운 세제혜택 활용 기회를 제공합니다. 그러나 이러한 혜택을 최대한 활용하기 위해서는 각 기업의 기술 개발 활동이 해당 분야에 정확히 분류되고 적절히 관리되어야 합니다.

특히 생성형 인공지능, 에이전트 AI, 학습 및 추론 고도화 등의 기술 개발 과정에서 발생하는 연구개발비를 체계적으로 구분하고 문서화하는 것이 중요합니다. 이는 향후 세액공제 신청 시 입증 자료로 활용될 뿐만 아니라, 경정청구를 통한 추가적인 세제혜택 확보에도 기여할 수 있습니다.

AI 중소기업들은 사전 검토를 통해 적용 가능한 모든 세액공제 항목을 체계적으로 발굴하고 관리하는 것이 필요합니다.

다. 종합적인 AI 기업 세제혜택 활용 가이드 필요성

AI 기업 전용상담창구 설치와 투자·고용 관련 세제혜택 확대는 AI 산업에 대한 정부의 지속적인 지원 의지를 보여줍니다. 이러한 정책 환경 변화 속에서 AI 기업들이 활용할 수 있는 다양한 세제혜택이 지속적으로 확대될 것으로 예상됩니다.

그러나 각종 세제혜택의 요건과 절차가 복잡하고 상호 연관되어 있어, 개별 기업이 모든 혜택을 파악하고 최적화된 활용 전략을 수립하기에는 한계가 있습니다. 따라서 AI 기업의 특성과 성장단계에 맞는 맞춤형 세제혜택 활용 전략을 체계적으로 제시하는 전문가와 협업의 필요성이 증대되고 있습니다.

특히 2025년 1월 1일부터 적용되는 새로운 세제혜택과 기존 제도의 연계 활용 방안, 그리고 향후 정책 변화에 대한 선제적 대응 전략까지 포함하는 포괄적인 접근이 필요할 것입니다.

라. 지속가능한 성장을 위한 컴플라이언스 체계 구축

세정지원 혜택을 받는 동시에 AI 기업들은 투명하고 건전한 기업 운영을 통해 사회적 신뢰를 확보해야 합니다. 특히 비정기세무조사는 여전히 적용될 수 있으므로, 평소 체계적인 세무 관리와 성실한 신고를 통해 조세 리스크를 예방하는 것이 중요합니다.

향후 AI 산업에 대한 정부 정책과 규제 환경의 변화를 지속적으로 모니터링하고, 이에 대한 선제적 대응 체계를 구축하는 것 또한 AI 기업들의 지속가능한 성장을 위해 필수적인 요소가 될 것입니다.

이번 국세청의 AI 중소기업 세정지원 방안은 우리나라 AI 산업의 새로운 도약을 위한 중요한 전환점으로, AI 기업들이 글로벌 경쟁에서 우위를 확보할 수 있는 든든한 기반을 제공할 것으로 기대됩니다.

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