법무법인(유) 화우

대법원은 최근 판결(대법원 2026.3.12. 선고 2024두30809판결)에서 법인이 부담하는 장애인 고용부담금이 구 법인세법(2024.12.31. 법률 제20613호로 개정되기 전의 것) 제21조 제5호의 '법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금'에 해당하지 않아 손금에 산입할 수 있다는 법리를 최종 확정하였습니다.

이번 대법원 판결은 과세실무상 논란이 있던 장애인 고용부담금의 손금 처리에 관하여 결론을 제시하였다는 점에서 중요한 의의를 갖습니다. 이에 따라 그동안 장애인 고용부담금을 손금에 산입하지 않고 법인세를 신고·납부하였던 법인들은 적극적으로 기한 내 경정청구를 통한 환급을 시도할 필요가 있습니다. 다만 법률이 개정된 2025사업연도의 경우에도 이번 대법원 판결의 결론을 그대로 적용할 수 있는지 논란의 여지는 여전히 남아 있습니다.

1. 사건의 개요

2. 대법원의 판단

3. 판결의 의의 및 시사점

1. 사건의 개요

원고는 구 장애인고용촉진 및 직업재활법 제33조에 따라 2018년도분 157,257,400원, 2019년도분 166,987,630원의 장애인 고용부담금을 신고·납부하였는데, 2019·2020사업연도 법인세 신고 시 해당 장애인 고용부담금을 손금에 산입하지 않고 법인세를 신고·납부하였습니다.

이후 원고는 장애인 고용부담금이 구법인세법 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하지 않는다는 취지로 경정청구를 하였으나, 과세관청은 이를 거부하였습니다.

제1심(서울행정법원 2022구합65757, 2023. 5. 2. 선고)은 장애인 고용부담금이 '법령에 따른 의무 불이행'에 대하여 부과된 공과금이라 하더라도 그 의무 불이행에 대한 '제재'로서 부과된 것이라고 보기 어렵다고 보아 법인세법상 손금에 해당하므로 경정거부처분을 취소하라고 판결하였습니다. 그 근거는 장애인 고용부담금은 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 '유도적·조정적 부담금'의 성격이 강한 점, 장애인 고용이라는 정책적인 목적을 달성하기 위하여 독립적으로 부과되는 금전지급의무의 성격이 강한 점, 사회연대책임의 이념에 따른 사업주의 공동갹출금에 해당하므로 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비의 성격을 가진 점, 고의·과실 등 책임 요건의 고려 없이 일률적으로 부과되므로 의무 불이행에 대한 제재 요건을 충족하지 않는 점, 공과금은 기본적으로 사업경비의 성격을 띠어 손금에 산입됨이 원칙인 점, 장애인 고용 의무는 형사적 제재 등이 예정된 다른 법령상의 의무와 비교하여 규범력이 강하다고 보기 어려운 점 등을 제시하였습니다.

원심(서울고등법원 2023누45325, 2023. 12. 5. 선고)은 제1심의 판단을 그대로 인용하면서, 행정기본법상 '제재처분' 개념이 조세법상 '제재'의 의미까지 포괄적으로 정의하려는 취지가 아니므로 장애인 고용부담금이 구 법인세법상 제21조 제5호에서 말하는 ‘제재’에 해당하지 않는다는 점, 법인세법 시행령 부칙<대통령령 제15564호, 1997.12.31.> 제11조를 장애인 고용부담금 손금불산입의 직접 근거로 보기 어려운 점 등을 추가로 설시하며 과세관청의 항소를 기각하였습니다.

2. 대법원의 판단

대법원은 원심의 판단을 수긍하여 상고를 기각하고, 장애인 고용부담금이 구 법인세법상 손금불산입 대상으로 정한 ‘제재로서 부과되는 공과금’에 해당하지 않는다고 최종 판단하였습니다. 주요 논거는 다음과 같습니다.

• 조세법률주의에 따른 엄격 해석 원칙: 공과금은 기본적으로 사업경비로서의 성격을 지니므로 손금 산입이 원칙입니다. 어느 공과금이 구법인세법 제21조 제5호에서 정한 손금불산입 요건을 충족하였는지 여부는 조세법률주의에 따라 엄격하게 해석하여야 합니다.

• 유도적·조정적 부담금으로서의 성격: 장애인 고용부담금제도는 사업주 간의 경제적 부담을 나누기 위해 도입된 것으로서, 재정적 목적보다는 장애인 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 (특별)부담금’의 성격이 강합니다. 따라서 이는 본질적으로 사업주의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비로서의 속성을 지닙니다.

• 책임 요건 및 처벌 규정의 부재: 전형적인 ‘제재’인 벌금 등과 달리, 장애인 고용부담금은 고의 또는 과실 등 책임 요건의 고려 없이 일률적으로 납부의무가 발생합니다. 또한 장애인 고용의무를 이행하지 않더라도 이를 처벌하는 규정이 별도로 존재하지 않습니다.

• 입법 연혁 및 정책적 변화의 부재: 과거 법인세법 시행령에서는 장애인 고용부담금의 손금 산입을 명시하고 있었으나, 입법 기술상의 이유로 포괄적 정의 규정으로 바뀌었을 뿐입니다. 이후 사회적 변화나 정책적 전환 등으로 이를 손금불산입할 필요성이 새로 생겼다고 보기도 어렵습니다.

3. 판결의 의의 및 시사점

그동안 과세관청은 장애인 고용부담금을 손금불산입 대상을 정한 구 법인세법 제21조 제5호의 '의무 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금'으로 보아 손금으로 보지 않았으나, 이번 대법원 판결로 인해 더 이상 같은 관점을 유지하기 어려워졌습니다. 이에 따라 과거 장애인 고용부담금을 손금에 산입하지 않고 법인세를 신고·납부한 법인은 국세기본법 제45조의2에 따른 경정청구를 통해 과다 납부한 법인세를 환급받을 수 있는 길이 열렸습니다. 경정청구 기한은 법정신고기한이 지난 후 5년 이내이므로, 해당 기간 내의 사업연도(현재 기준 2020사업연도 및 그 이후 사업연도)에 대해서는 법인세 신고 내역을 전수 점검하여 장애인 고용부담금을 손금에 산입하지 않은 사업연도가 있는지 살펴보고 조속히 경정청구 여부를 검토할 필요가 있습니다.

다만, 2025. 1. 1. 시행된 현행 법인세법 제21조 제5호에서는 그 문언을 종전 ‘'법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에서 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금’으로 개정하였는데, 과연 ‘제재’의 성격을 갖지 않는다고 본 이번 대법원 판결의 결론이 현행 법률에도 그대로 적용된다고 볼 수 있는지 논란의 여지가 남았습니다. 따라서 2025사업연도 법인세 신고시 장애인 고용부담금을 종전과 같이 손금불산입할지, 이번 대법원 판결의 취지와 같이 손금산입할지 여부에 관하여는 법률 및 세무전문가의 자문을 받아 결정하시기 바랍니다.

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